財政部臺灣省南區國稅局表示，購屋借款利息之扣除，除應屬納稅義務人、配偶或受扶養親屬為購買自用住宅，向金融機構借款所支付之利息外，尚應符合所得稅施行細則第24條之3規定之要件：納稅義務人本人、配偶或受扶養親屬所有之自用住宅、於課稅年度在該地址辦竣戶籍登記且無出租、供營業或執行業務使用、取得向金融機構辦理房屋購置貸款之利息單據。
該局以轄內納稅義務人甲君為例，甲君99年度綜合所得稅結算申報，列報購屋借款利息扣除額12萬餘元，因99年度未辦竣戶籍登記而否准認列其扣除額，並補徵稅額7仟餘元。甲君不服，取具居住地址之村長開立證明書，主張99年度確實居住於該地址，案經復查及訴願，均遭駁回。
財政部訴願駁回理由指出，列報自用住宅購屋借款利息，需檢附在該地辦竣戶籍登記之戶口名簿影本，99年度綜合所得稅結算申報書說明，亦有明確提示，惟甲君、其配偶或受扶養親屬均未設籍該房屋，核與「自用住宅購屋借款利息」列舉扣除要件不符，而駁回其訴願
南區國稅局特別呼籲納稅人，辦妥戶籍登記是列報購屋借款利息扣除額的重要要件之一，不要將全戶的戶籍都遷出，以免事後遭補稅。
