財政部臺北市國稅局表示，營利事業在清算期間的清算所得，應該在清算結束之日起30日內，向管轄稽徵機關申報，如果未依期限申報，稽徵機關將依查得資料核定其清算所得額及應納稅額，如果是公司組織型態，公司在清算程序中欠繳稅款達限制出境標準，稽徵機關還會以清算人作為限制出境的對象。
該局查核營利事業所得稅案件，發現甲公司雖然已在規定期限內申報清算所得，但仍欠繳多筆營利事業所得稅稅款，經該局查證，甲公司已在章程中訂定由負責人擔任清算人，後來經股東會決議解散時，又選任另一人擔任清算人，以致產生清算人究竟是章程訂定的負責人或者是股東會選任之另一人？
該局說明，依據公司法的規定，公司章程規定的清算人如果已經明確或可得確定時，就應該比照董事為法定清算人的情形，認定為公司解散之日為清算人就任，並且以章程訂定的清算人為準，公司如果要變更清算人，必須先透過股東會變更章程的方式另外選定清算人；或者依公司法第323條的規定先解任清算人，再由股東會另外選任清算人。前揭案例甲公司並未以變更章程的方式另外選定清算人，也沒有依照公司法第323條的規定先解任清算人，再由股東會另外選任清算人，仍應依照章程規定，以甲公司的負責人為清算人。
該局呼籲，公司解散或廢止後進入清算程序，此時清算人的權利義務與負責人相同，清算中的公司如果有已經確定的應納稅捐、罰鍰逾法定繳納期間尚未繳納，而且所欠繳稅款金額達到一定標準時，就會以清算人列為限制出境對象，所以公司對於清算人的選任及變更，應該特別注意以上的規定。
