財政部臺北市國稅局表示，營利事業所得稅起徵額及稅率，依99年6月15日總統令修正公布所得稅法規定，自99年度起，營利事業所得稅起徵額調整為12萬元、稅率調降為17%。
該局說明，配合99年5月12日總統令制定公布之產業創新條例僅保留研究發展支出投資抵減優惠，立法院於同年5月28日三讀通過所得稅法第5條及第126條條文修正案，本項修法案經99年6月15日總統令公布施行。營利事業辦理99年度決、清算申報或暫繳申報時，應適用修正後之稅率計算繳納決、清算應納稅額或暫繳稅額。
營利事業遇有解散、廢止等情事時，清算期間若跨年度，因清算所得之計課，與採非曆年制會計年度繼續經營之營利事業所發生之各年度所得額情形不同，故於辦理清算所得申報時，清算期間遇跨99年度，應依申報年度適用之營利事業所得稅稅率計算繳納。
該局舉例說明，甲公司清算期間若為98年10月15日至99年2月10日，清算課稅所得為300,000元，應納稅額即為51,000元【（300,000元×17﹪＝51,000元），自99年度起，營利事業全年課稅所得額超過12萬元者，就其全部課稅所得額課徵17%。但其應納稅額不得超過12萬元部分之半數】
該局提醒，營利事業辦理99年度決、清算申報或暫繳申報時，應適用修正後之稅率計算繳納決、清算應納稅額或暫繳稅額，以維護自身權益。
