產業創新條例自去年（99年）開始實施，其中有關租稅減免之項目，僅保留公司研究發展支出適用投資抵減乙項；而現行產業創新條例與之前促進產業升級條例的研發投抵，作業上最主要的差異在於，現行公司欲申報適用研發投抵者，須先向中央目的事業主管機關申請認定研發事實。
南區國稅局表示，依據公司研究發展支出適用投資抵減辦法第12條之規定，公司研發支出申請適用投抵者，應於辦理當年度營所稅結算申報期間開始前三個月起至申報期間截止日後一個月內，檢附相關證明文件，向中央目的事業主管機關申請認定其當年度研發活動，經認定核可後，才有投資抵減獎勵之適用。
換言之，以今年5月申報的99年度營所稅為例，假如公司屬於製造業，有從事研發活動並申報研發投抵者，從今年2月起最遲應於6月底前檢附相關證明文件，向經濟部工業局申請99年度研發活動之認定，國稅局會參酌經濟部工業局所出具之認定意見，做為核定99年度營所稅研發投抵之依據。
南區國稅局再次提醒納稅義務人，產業創新條例及其相關子法規已有新的規定，除了辦理當年度結算申報應依規定格式填報外，還須另外向中央目的事業主管機關申請研發活動的認定，雙管齊下才可以。至於該如何申請？目前經濟部工業局已公佈相關申請書表，可上網參考。（網址：http://www.moeaidb.gov.tw 。路徑：首頁/申請事項及表單/非申請表申請事項）。
