吸引國輪回籍，財部原則同意交通部提議，調降海運事業適用噸位稅的資格門檻，自適用噸位稅後第三年起，國輪比例應占全部船舶淨噸位的15%；第五年則是30%。交通部原提案第三年與第五年比例是20%與40%，但應國內航商促降呼聲，交通部新版本則提出15%與30%的寬鬆門檻。一般認為，使用寬鬆門檻雖會提高國輪回籍意願，但也代表國庫所得稅損失加大。
不過，財部已要求交通部就調降噸位稅適用門檻所能產生效益，進行精確評估，若確實能因此達到吸引國輪回籍的政策目的，財部並不反對一定要維持高門檻。昨（23）日交通部與財政部則達成初步共識。
噸位稅屬所得稅的一種，不論盈虧都須繳納，性質類似「規費」，但因稅額較低，大型航商若選擇採用噸位稅，將享有較大降稅利益。
依據財政部估計，我國海運業所繳納的營所稅，93年為57億元，之後一路下降，至96只有25億元。噸位稅實施後，稅收損失將達17億元。不過，因為吸引國籍回輪與增加本國籍船員就業的配套機制，產生的周邊效益達25.8億元，開徵噸位稅不會產生實質稅收損失。
交通部原本建議海運業者申請適用噸位稅門檻條件為： 航商自適用第三年起，國輪淨噸位要占公司全部輪船的20%，第五年起再增為40%，並要聘本國員工50人。交通部評估，在此條件下，三年之內將可增加大型國輪16艘，五年增加30 艘國輪，國輪淨噸位增加180萬噸。
由於海運業者認為交通部原規劃的適用門檻，有實質上困難。交通部昨天在與財部會商時，重新提出噸位稅適用條件，將申請資格分別降為15%及30%；聘用本國籍員工人數也自50人降為35人。
