配合縣市改制，行政院已經核定，合併縣市的國稅局業務，自民國100年元旦為調整基準日。部分國稅局面臨分局更名或稽徵所改隸的變動，其中以台灣省南區國稅局及高雄市國稅局的調幅最大。
財政部表示，縣市合併日為12月25日，但基於國稅局業務銜接的急迫性較低，為方便會計年度及業務轉移，行政院決定，部分國稅局因為縣市合併產生國稅局組織及服務轄區、業務變動的調整基準日，均自明（100）年元月1日起生效。
五區國稅局中，變動較大的為台灣省南區國稅局，因高雄縣市合併，導致轄區縮小。南區國稅局目前有八個分局、九個稽徵所，高雄縣市合併後，原高雄縣的國稅業務，均全數移撥由高雄市國稅局接手，南區國稅局將有一個分局及二個稽徵所，明年起改隸高雄市國稅局管轄。
由南區國稅局移撥出去的是高雄縣分局，配合行政區域調整，未來將改名為高雄市國稅局鳳山分局，另外二個稽徵所則為岡山及旗山稽徵所。
舉例來說，高雄縣、市在99年12月25日合併為高雄市，但是在99年12月25日至99年12月31日期間，原高雄縣的國稅稽徵業務仍屬南區國稅局職掌，至100年元旦起將調整由高雄市國稅局承接。
