財政部臺灣省中區國稅局臺中縣分局表示：98年5月27日經總統公布施行之所得稅法部分條文修正，有關獨資、合夥組織之營利事業所得稅申報作業有多項重大變革。以98年5月29日以後獨資、合夥組織歇業或轉讓時，應辦理之決、清算申報為例，除其申報期限維持不變外，修正前後申報規定之最大不同點，在於獨資、合夥組織辦理決、清算申報時，僅須計算營利事業所得額，無須再計算及繳納營利事業所得稅；其營利事業所得額，則由獨資資本主或合夥組織合夥人列為營利所得，直接課徵綜合所得稅。
該分局同時提醒獨資、合夥組織依規定辦理決算或清算申報時，應依所得稅法相關規定，正確申報課稅之所得額，若有短、漏報情事者，稽徵機關會以核定短漏之課稅所得額，依當年度適用之營利事業所得稅稅率計算之金額，處2倍以下之罰鍰。如果未辦理決算或清算申報，而經調查有應課稅之所得者，則應處3倍以下之罰鍰。
