為釐清母公司與其非100%持股之子公司合併時，存續之母公司及子公司其他少數股東是否因合併而視為取得股利所得，進而得列為消滅之子公司合併當年度或前一年度未分配盈餘減除項目等課稅疑義，財政部核釋相關規定。
財政部表示，依該部96年4月10日台財稅字第09604520370號令規定，母公司與其100%持股之子公司合併時，存續之母公司取得消滅之子公司淨資產超過其對消滅公司出資額部分，應視同消滅之子公司分配予母公司之股利所得；該股利所得屬於消滅之子公司合併當年度決算所得額或前一年度未分配盈餘部分，得分別列為計算消滅子公司各該年度未分配盈餘之減除項目。基於上開規定意旨，該部核釋母公司與其非100%持股之子公司合併，存續之母公司於合併時，就其原持有子公司股權所取得消滅之子公司淨資產之價值，超過其對消滅子公司之出資額部分，應視同消滅之子公司分配予母公司之股利所得。母公司取得之股利所得及消滅之子公司「其他少數股東」取得合併對價超過其對子公司出資額部分之股利所得，屬於消滅之子公司合併當年度決算所得額或前一年度未分配盈餘部分，得分別依所得稅法第66條之9規定列為計算其合併當年度或前一年度未分配盈餘之減除項目。
財政部進一步表示，前開母公司之股利所得(如附圖B1+C1)及子公司少數股東之股利所得(B2+C2)，以合併基準日為消滅之子公司之股利分配日，依所得稅法第66條之6規定計算稅額扣抵比率，按其母公司及少數股東獲配之股利淨額各自計算併同獲配之可扣抵稅額。但母公司及少數股東各自獲配之可扣抵稅額，依所得稅法第66條之5第1項有關可扣抵稅額併同股利分配以股東可扣抵稅額帳戶餘額為限之規定，並為適度衡平二者權益，各不得超過合併消滅之公司合併基準日之股東可扣抵稅額帳戶餘額，分別按母公司及少數股東持股比例計算之金額。
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