財政部今(24)日依行政院衛生署意見，補充核釋診所聯合執業醫師所得課稅規定。該部表示，2人以上醫師共同出資，以聯合執業模式經營診所，共同負擔盈虧風險與執行業務之成本及必要費用，且診所申請設立登記之負責醫師與其他執業醫師間不具僱傭關係者，其執業醫師依聯合執業合約分配之盈餘，得適用該部101年1月20日台財稅字第10000461580號令第1點之除外規定，即該等醫師得依所得稅法第14條第1項第2類執行業務所得課稅。
財政部表示，鑑於醫療機構與醫師間法律關係，前經行政院衛生署據醫療法、全民健康保險法、民法及醫院評鑑制度相關規定，以100年2月1日衛署醫字第1000200812號函及同年11月17日衛署醫字第1000210622號函明確核復，醫療機構與醫師間不具駐診拆帳或合夥法律關係，應認屬僱傭關係，財政部101年1月20日台財稅字第10000461580號令乃規定，自本(101)年度起，除私立醫療機構申請設立登記之負責醫師及聯合診所之個別開業醫師，其執行業務收入減除成本及必要費用後之餘額應按執行業務所得課稅外，公私立醫療機構、醫療法人及法人附設醫療機構所聘僱並辦理執業登記之醫師從事醫療及相關行政業務之勞務報酬應按薪資所得課稅，同時廢止該部90年12月27日台財稅字第0900457146號令有關西醫師駐診拆帳之課稅規定。
上述財政部101年1月20日令發布後，行政院衛生署復以101年3月23日衛署醫字第1010204898號函釐清診所與醫師間法律關係略以，醫療法相關規定並未設具體明文，亦未有禁止各該醫師不得合夥經營診所之規定，因此，診所內之負責醫師與其他辦理執業登記於該診所之醫師間法律關係，依相關法律及實務上，應不以僱傭關係為限。基於行政機關對於同一法律關係應採一致性認定，財政部乃配合該署意見，補充核釋以聯合執業模式經營診所，其執業醫師依聯合執業合約分配之盈餘得按執行業務所得課稅規定。
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