財政部臺灣省南區國稅局表示，為解決營利事業依法補繳超額分配可扣抵稅額可否計入股東可扣抵稅額帳戶的爭議，財政部在100年6月9日發布解釋令，明定營利事業在發布日起如有超額分配股東或社員可扣抵稅額的情形，並且已補繳超額分配的可扣抵稅額，可以在補繳日計入股東可扣抵稅額帳戶餘額。如在100年6月9日前補繳尚未核課確定案件，也可適用。
南區國稅局舉例說明：甲公司因99年度超額分配股東可扣抵稅額15萬元，被國稅局查獲，除補徵稅額，並處1倍罰鍰。甲公司已於100年9月1日補繳，可在補繳日計入股東可扣抵稅額帳戶餘額；另乙公司98年度超額分配股東可扣抵稅額，經核定補徵20萬元，因不服申請復查，惟截至財政部解釋發布日尚未核課確定，則乙公司於99年12月1日補繳98年度超額分配稅款20萬元，依前揭財政部函釋，仍可在補繳日計入股東可扣抵稅額帳戶餘額。
該局特別提醒，營利事業補繳超額分配的可扣抵稅額，雖可以在補繳日計入股東可扣抵稅額帳戶餘額，但為避免因發生超額分配可扣抵稅額而被裁處罰鍰，公司股東可扣抵稅額帳戶餘額各欄項，仍應依所得稅法規定日期填載正確之期初餘額、應計入金額或應減除金額，以反應各時點正確的股東可扣抵稅額帳戶餘額。
