財政部高雄市國稅局表示：每年5月份綜合所得稅申報期間，部分未依規定設置帳簿之醫院、診所負責人對於健保收入及費用該如何計算執行業務所得仍不甚瞭解。
國稅局說明如下：依財政部相關函釋，醫療院所健保收入的費用計算標準已於95年大改革，係按核定點數每點0.78元計算，不再依核定收入之78％計算，且部分負擔收入亦需納入健保收入一併計算其所得額。
96年度起健保收入所得額核算公式為：「（扣繳憑單金額+部分負擔收入金額） - 核定點數(含部分負擔) * 0.78元 - （94年度或以前年度追扣醫療款*78%）+ （94年度或以前年度補付醫療款*78%）」。
該局進一步舉例說明：A君開設嘉嘉診所，收到健保局核發99年度之扣繳憑單金額為2,500,000元，部分負擔收入金額1,000,000元，核定費用點數為3,180,000點，那100年5月申報99年度執行業務所得時，A君應申報全民健康保險收入之執行業務所得額為：【(2,500,000元+1,000,000元) – 3,180,000 * 0.78】=1,019,600元。
