南區國稅局表示，營業人進貨所取得之進項憑證，如其與開立統一發票之公司間有無交易之事實不明，應由申報扣抵之營業人負舉證責任。
甲公司於94至95年間購買貨物，取得無營業事實之乙公司開立之進項憑證申報扣抵銷項稅額，該局乃依規定，依稅捐稽徵法第44條及加值型及非加值型營業稅法第51條第5款規定，擇一從重按所漏稅額278,447元處2倍罰鍰556,894元。甲公司不服，主張與開立憑證之營業人間確有交易事實，應免受罰等理由，提起行政訴訟，但遭行政法院判決敗訴。
行政法院判決理由指出，按司法院釋字第537號解釋意旨，稅務案件因具有課稅資料多為納稅義務人所掌握及大量性行政之事物本質，稽徵機關欲完全調查及取得相關資料，容有困難；是為貫徹課稅公平原則，應認屬納稅義務人所得支配或掌握之課稅要件事實，納稅義務人應負有提供資料之協力義務，營業稅進項稅額，因在計算營業人實際應納稅額時，列為計算之減項，屬於權利發生後之消滅事由，則有關營業稅進項稅額存在之事實，不論從證據掌控或利益歸屬之觀點，均應由申報扣抵之營業人負擔證明責任，故其與開立統一發票之公司間有無交易事實倘有不明，應由申報扣抵之營業人負舉證責任。
本案乙公司登記之負責人於偵查中已坦承94至95年並無實際銷售貨物，而虛偽製作不實進項憑證予甲公司，以為扣抵銷項稅額，幫助甲公司逃漏稅，乙公司於94至95年間並無營業事實，甲公司自無向乙公司進貨之事實。甲公司雖主張與乙公司間確有交易事實，並無其他具體事證足資證明有向乙公司進貨之事實，則其虛報進項稅額，已構成逃漏稅，因此判決甲公司敗訴。
國稅局呼籲，營業人進貨時應注意開立進項憑證之營業人，有無正常營運並保留雙方交易憑證資料，以免被查獲因無法提供具體事證供核而遭受處罰。
