財政部賦稅署表示，98年5月27日修正公布前所得稅法第110條第3項規定，納稅義務人依所得稅法規定應申報課稅之所得額有漏報或短報情事，或營利事業因受獎勵免稅或營業虧損，致加計短漏之所得額後仍無應納稅額者，應分別視其有無依所得稅法規定辦理申報，按其所漏稅額或就其短漏所得額依當年度適用之營利事業所得稅稅率計算之金額，處2倍或3倍以下之罰鍰。
考量前述受獎勵免稅或營業虧損之營利事業短漏報所得，並未短漏當年度所得稅額，其對國庫稅收之影響，係視該等營利事業以後年度是否依第39條規定申報扣除該年度虧損而定，如依前述規定處罰，又無合理最高金額之限制，恐有處罰過重之虞，爰於98年5月27日修正增訂屬於前開短漏報之情形，其處罰金額最高不得超過9萬元，最低不得少於4千5百元之規定，尚非所有短漏報所得案件均有其適用。
次按稅捐稽徵法第48條之3規定，納稅義務人違反本法或稅法之規定，適用裁處時之法律。但裁處前之法律有利於納稅義務人者，適用最有利於納稅義務人之法律。故營利事業於98年5月28日以前有所得稅法第110條第3項規定情形且尚未裁罰確定之案件者，均得適用處罰金額最高不得超過9萬元之規定。
依據前述規定，工商時報99年2月23日A16版報載：「93年以後營所稅補稅，最高罰9萬」僅適用於營利事業因受獎勵免稅或營業虧損，致加計短漏之所得額後仍無應納稅額且尚未裁罰確定之案件。至於不符上揭情形之營利事業，如發生短報或漏報所得額之情形，仍應依所得稅法第110條第1項及第2項規定處罰，並無最高金額之限制。
財政部賦稅署提醒納稅義務人應依稅法規定誠實申報納稅，以避免遭受處罰。
