該局說明，所得稅法第110條已於98年5月27日修正公布，並自同年月29日起生效。新法規定修正重點如下：
(一)營利事業除了辦理結算申報有短漏報所得額情事應予處罰外，如辦理決算或清算申報有短漏報所得額者，亦應予處罰。
(二)一般公司組織因受獎勵免稅或營業虧損，致加計短漏之所得額後仍無應納稅額者，仍應予以處罰，但處罰金額最高不得超過9萬元，最低不得少於4仟5佰元。
(三)獨資、合夥組織之營利事業，如加計核定短漏之課稅所得額後仍無應納稅額者，則不予處罰。
依此，營利事業辦理結算、決算或清算申報不實者，其處罰與否規定，依修正前、後規定之差異詳如附表所示。
該局舉例：
（一）甲公司於98年10月5日辦妥解散登記，並於98年11月6日辦理決算申報，申報課稅所得額為40萬元，嗣後查得該公司決算申報匿報所得額30萬元，依修正後所得稅法第110條第1項規定，應按所漏稅額7萬5仟元(30萬元× 25%)處2倍以下之罰鍰。
（二）乙公司98年度營利事業所得稅結算申報案，申報所得額為虧損，因虛增營業費用200萬元涉及短漏報所得額，經剔除後仍無應納稅額，故依所得稅法第110條第3項規定，就短漏之所得額（200萬元）依當年度適用之營利事業所得稅稅率計算之金額49萬元（200萬元×25%－1萬元）處以2倍以下之罰鍰，惟依前揭修正後所得稅法第110條第3項但書規定，處罰最高不得超過9萬元，故裁處罰鍰金額為9萬元。
該局呼籲，營利事業辦理結算、決算或清算申報時，應善盡誠實申報義務，以免遭致處罰。
