財政部高雄市國稅局表示：為鼓勵公司於製造或服務流程，均能積極從事研究發展，以創新之思維為企業營運活動加值，經濟部與財政部依據產業創新條例第10條第2項之授權規定，共同訂定「公司研究發展支出適用投資抵減辦法」，已於99年11月8日會銜發布，施行日期配合「產業創新條例」追溯至99年1月1日。
該局特別提醒，公司99年度營利事業所得稅結算申報如欲適用產業創新條例第10條研究發展支出投資抵減租稅優惠，應於辦理當年度結算申報期間開始前3個月起至截止日後1個月內（以會計年度採曆年制之公司為例，99年度申請期限為100年2月至6月間），檢具有關文件向中央目的事業主管機關申請研究發展事實之認定，始取得適用投資抵減租稅優惠之基本資格。且公司於辦理當年度營利事業所得稅結算申報時（採曆年制99年度案件為100年5月），應依規定格式填報，並檢附有關文件，送請公司所在地之稅捐稽徵機關核定投資抵減稅額，填報之資料如有疏漏，得於所得稅法規定申報期限屆滿前補正；其逾期未補正者，稅捐稽徵機關得不予受理。
另公司如有該辦法第4條第1項第3款專用技術、第4款及第6條第1項第2款、第4項規定之支出（即1.專為研究發展購買或使用之專用技術之當年度攤折或支付費用。2.專為用於研究發展所購買之專業性或特殊性資料庫、軟體程式及系統之費用。3.經中央目的事業主管機關專案認定之委託國外大專校院或研究機構研究，或聘請國外大專校院專任教師或研究機構研究人員之費用。4.公司與國內、外業者共同研究發展所為之支出），應於費用發生當年度或首次分攤支出之年度（曆年制之99年度案件為99年12月31日前）向中央目的事業主管機關提出專案認定申請；逾費用發生年度或首次分攤支出之年度始提出專案認定申請，經核准者，其尚未攤折或分攤之支出自申請之年度起適用。
相關專案認定及創新研究發展事實認定，如有疑義，請向中央目的事業主管機關洽詢（例如網際網路業、製造業及技術服務業之主管機關：經濟部工業局，電話：02-27541255分機2632~2637）
